みなし労働時間制においても、労基法の労働時間の定めは適用される。したがって法定労働時間を超えて労働をさせる湯合は、当然に三六協定を締結し、労基監督署に届け出なければならない。みなし労働時間制だからといって、三六協定にかかわる義務が免除されるわけではない。みなし労働時間制における残業（含早出）の取扱いについては、みなし労働時間と所定労働時間の差が残業時間となる（もっともみなし労働時間を所定労働時間と同一とした場合は、説明するまでもなく残業時間はゼロである）。所定労働時間が8時間の場合、みなし労働時間を9時間とすると、残業時間は1時間であり、労働時間の全部または一部を社外勤務した日が17日あれば、17時間の残業時間となる。
[関連情報]
リシテア勤怠管理システム
http://lysithea.jp/